Dyrektor Muzeum odpowiada za prawidłową realizację działalności statutowej oraz właściwe gospodarowanie mieniem i środkami finansowymi. 

Do zadań Dyrektora Muzeum należy, w szczególności: 

• kierowanie Muzeum w sprawach naukowo-badawczych, oświatowych, organizacyjnych, pracowniczych, administracyjnych i gospodarczych; 
• nadzór nad zbiorami i ich ewidencjonowaniem oraz nad majątkiem Muzeum; 
• reprezentowanie Muzeum na zewnątrz; 
• przedstawianie właściwym instytucjom i Ministrowi planów rzeczowych i finansowych, sprawozdań oraz wniosków finansowych; 
• wydawanie zarządzeń i decyzji w sprawach dotyczących bieżącego funkcjonowania Muzeum; 
• nadzór nad sprawnym funkcjonowaniem komórek wewnętrznych Muzeum oraz przestrzeganiem terminowego i należytego wykonywania zadań; 
• nadzór nad racjonalnym i efektywnym gospodarowaniem przyznanymi dotacjami i otrzymanymi środkami materiałowymi; 
• zapewnienie warunków do efektywnej współpracy z muzeami, instytucjami kultury, instytutami naukowo-badawczymi krajowymi oraz zagranicznymi oraz właściwymi organami administracji państwowej i gospodarczej; 
• zapewnienie realizacji i nadzór nad kontrolą wewnętrzną; 
• nadzór nad redakcją publikacji muzealnych; 
• wykonywanie uprawnień przewidzianych dla podmiotu, który utworzy bibliotekę określonych w odrębnych przepisach; 
• tworzenie warunków do podnoszenia kwalifikacji zawodowych pracowników; 
• zawieranie i rozwiązywanie umów o pracę z pracownikami Muzeum oraz podejmowanie decyzji wynikających ze stosunku pracy; 
• tworzenie warunków umożliwiających planowanie i realizowanie w Muzeum zadań obronnych oraz zadań w obszarze zarządzania kryzysowego, określonych odrębnymi przepisami.